Un nuevo comienzo
En Copiapó, los caciques, advertidos por los mensajeros dirigidos con anticipación por Paullo Tupac, esperaban a Almagro en paz y con provisiones suficientes. La disposición de Almagro cambió al saber la noticia del asesinato de sus hombres en el valle del Huasco y en represalia le dio muerte a un cacique de Copayapu. La hueste continuó su viaje, llegó a aquel valle y los indígenas los recibieron en paz, aunque luego despoblaron sus pueblos. Al arribar al valle de Quimbo o Coquimbo, se enteraron que, tiempo atrás, los indígenas habían hecho junta general de caciques o principales y decidido matar al grupo expedicionario que él había enviado. Su respuesta fue radical. Apresó a cerca de treinta caciques del valle de Huasco y Coquimbo, mandó levantar postes e hizo quemar vivos a los dignatarios locales. Luego, el conquistador siguió rumbo al sur. En las cercanías de Los Vilos, recibió la noticia de que la embarcación El Santiago, pilotada por Alonso de Quinteros, había arribado a las costas cercanas transportando alimentos, armas, ropa y fierro para apoyar su empresa. Llegó al valle de Aconcagua, y meses después, en agosto, tomó la decisión de retornar al Perú. La ausencia del oro que prometía esta región y las noticias de una sublevación de los indios del Perú, lo que ponía en jaque el dominio de Los Andes y su lucha contra los Pizarro, lo motivaron a abandonar la conquista de los valles de Chile central.
En octubre de 1540. Pedro de Valdivia arriba a Copiapó tomando posesión efectiva del territorio de Chile en nombre de Dios y la Corona. Muchos meses habían transcurrido desde su salida del Cusco. La hueste había cruzado el sur del Perú, la llanura costera, los valles de Tarapacá y Atacama, para continuar la travesía por el camino del despoblado de Atacama hasta el valle del Chañar (al sur del actual Diego de Almagro), y entrar al de Copiapó. Allí no sólo se abasteció de víveres, sino también de información sobre los caciques de esta región, Aldequín y Guanelica. Los indígenas despoblaron sus tierras. Valdivia decidió atacarlos en el pukara o fortaleza en que se habían refugiado. Murieron muchos hombres, además mujeres y niños fueron hechos prisioneros.